जस्टिनियन महामारी का केंद्र बिंदु कांस्टेंटिनोपल [Constantinople] शहर था, इस शहर में सन् 542 ई. के बसंत तक प्रतिदिन 5,000 मौतों के साथ अपने चरम तक पहुंच गया था.  हालांकि कुछ इतिहास विद् के अनुसार मौतों का आंकड़ा अनुमानत: 10,000 व्यक्ति प्रतिदिन तक पहुँच गया था.

कहा जाता है इस शहर की कुल आबादी का एक तिहाई से अधिक की जनसंख्या इस प्लेग से मारी जा चुकी थी. इतने सारे मृत शरीर को दफनाने के लिए कब्रिस्तान में जगह कम पड़ गयी थी. ईसाई सिद्धांत के अनुसार लाशों को दाह संस्कार के द्वारा नष्ट नहीं किया जा सकता था इसलिए हर तरफ लाशों का ढेर नजर आता था.

अगले तीन वर्षों में इटली, दक्षिणी फ्रांस, राइन घाटी और इबेरिया के माध्यम से प्लेग व्याप्त हो चूका था. साथ ही यह बीमारी डेनमार्क और पश्चिम में आयरलैंड तक और फिर अफ्रीका, मध्य पूर्व और एशिया माइनर तक फैल गई. सन् 542 – 546 ई. के बीच इस महामारी से एशिया, अफ्रीका और यूरोप में लगभग 100 मिलियन से भी ज्यादा लोग मारे गए थे.